منشا و خاستگاه قیام پانزده خرداد اندیشه های روحانیت مبارز شیعه، به رهبری حضرت امام خمینی (ره) بود.

ماهیت اصلی سیاستها و برنامه های رژیم شاه، مبارزه با فرهنگ مذهبی مردم ایران بود و این مساله با روحیه مذهبی مردم سازگار نبود، به طور طبیعی، قیام پانزده خرداد دارای ماهیت اصیل دینی و مذهبی بود. زیرا این قیام برای دفاع از فرهنگ اسلامی و ارزشها و هنجارهای مذهبی مردم ایران به وقوع می پیوست.

اولین شعله های آتش مخالفت با سیاستهای ضد اسلامی و غیر مردمی رژیم شاه، پس از تصویب لایحه انجمنهای ایالتی و ولایتی برافروخته شد.

راساس این تصویبنامه که به صورت غیر قانونی و به هنگام تعطیلی مجلسهای شورای ملی و سنا، در هیات دولت اسدالله علم تهیه، تنظیم و تصویب شده بود، رسمیت دین اسلام از قانون اساسی کشور لغو می شد. نمایندگان انجمن های مذکور، در مراسم تحلیف به جای قرآن مجید به کتاب آسمانی سوگند یاد می کردند و بدین ترتیب، زمینه های حقوقی و قانونی به قدرت رسیدن بهائیان و عوامل اسرائیل در ایران فراهم می شد. همچنین، با هیاهوی اعطای حق رای به زنان، و سؤ استفاده از آن، مخالفین برنامه های رژیم شاه، مخالف آزادی زنان قلمداد می شدند، اما رژیم شاه به دلیل مخالفت گسترده نیروهای مذهبی، مجبور به لغو رسمی این تصویبنامه شد. با این حال، اعتراض به رژیم شاه ادامه یافت و با اعلام رفراندم “انقلاب سفید"! اوج گرفت. برای خاموشی صدای مخالفین، نیروهای مسلح و عوامل امنیتی رژیم شاه به مدرسه فیضیه قم که در آن مجلس بزرگداشت شهادت امام صادق برپا بود، حمله کردند. این واقعه خونین و حوادث بعدی، مانند دستگیری طلاب و اعزام آنان به سربازی، بر آتش خشم مردم دامن زد. سخنرانی پرشور و تاریخی حضرت امام خمینی، در عصر عاشورای 1383 (13 خرداد 1342) که در آن شدیدترین حملات خود را متوجه شخص شاه، آمریکا و اسرائیل نمودو آنها را عامل بدبختی مملکت دانست، تاب و توان رژیم شاه را به پایان رساند. این رژیم، در یک حرکت انفعالی، اقدام به دستگیری و انتقال امام به تهران نمود. پخش خبر دستگیری آن حضرت، موج اعتراض اقشار گوناگون مردم ایران را به گونه ای باور نکردنی برانگیخت. این مساله، مورد تایید بیشتر محققان و نویسندگان تاریخ معاصر ایران می باشد.

صدها هزار نفر از مردم ایران، در شهرهای تهران، قم، مشهد، شیراز، اصفهان، تبریز، ورامین و . . . به تظاهرات و راهپیمایی پرداختند. این راهپیمایی با شدت هرچه تمامتر به خاک و خون کشیده شد و هزاران نفر از تظاهرکنندگان (حدود پانزده تا بیست هزار نفر) به شهادت رسیدند. رژیم شاه برای چندمین بار توانست، با کشتار مردم ایران حاکمیت خود را برای پانزده سال دیگر تضمین کند. حاکمیتی که با خفقان مطلق و استبداد کامل همراه بود. حاکمیتی که به بهای کشتار هزاران نفر از فرزندان این ملت و تبعید رهبر قیام به دست آمده بود.

قیام پانزده خرداد، اگرچه در ظاهر با شکست روبرو شد، اما فراگیری نهضت و حضور همه گروهها، قشرها و طبقات اجتماعی در روند مبارزه; مذهبی بودن نهضت و حضور نیروهای مذهبی تاثیرات بلند مدت خود را بر روند سیاسی و اجتماعی ایران باقی گذاشت.

، قیام اسلامی و فراگیر مردم ایران در پانزدهم خرداد 1342، باعث افزایش آگاهی سیاسی مردم و حضور بیشتر آنها در صحنه شد و با تثبیت رهبری امام خمینی (ره) ، گروه های سیاسی غیر مذهبی به حاشیه رانده شدند. امام خمینی (ره) با بهره گیری از تجارب گذشته و با ارائه نظریه"ولایت فقیه” که پس از پیروزی انقلاب اسلامی، شالوده قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران شد، نظام سیاسی جایگزین حکومت سلطنتی را تبیین کرد. با پیروزی انقلاب اسلامی در سال 1357، این نظریه جامه عمل پوشید و اساس نظام جمهوری اسلامی ایران را پی ریزی کرد.