منابع تاریخی گواهی میدهد که پیش از هجرت، مردم مدینه اجساد مردگان خود را در دو گورستانِ «بنی حرام» و «بنی سالم» و گاهی نیز در منازل خود دفن میکردند.( تاریخ حرم ائمّه بقیع، 61) لیکن با هجرت مسلمانان به مدینه، بقیع تنها قبرستان مسلمانان گردید و به مرور زمان و با دفن اجساد تعدادِ زیادی از صحابه و تابعین و نیز همسران و دختران و فرزندان و اهلبیت رسول الله(صلی الله علیه وآله) از اهمیت ویژهای برخوردار شد.( مدینه شناسی، 1/321) و گورستانهای پیشین، رفته رفته به حالت متروکه در آمد و از میان رفت
در بقیع اولین کسی که از انصار دفن شده است «اسعد بن زراره» و از مهاجرین «عثمان بن مظعون» بوده است. پس از فوت ابراهیم فرزند رسول خدا(صلی الله علیه و آله) آن حضرت به صحابه فرمودند ابراهیم را به سلف صالح ما عثمان لاحق کنید و در کنار او به خاک بسپارید. پس از دفن شدن ابراهیم در بقیع، مردم مدینه علاقهمند شدند پیکر اقوام و عشیره خود را در آنجا دفن کنند و هر یک از قبایل مدینه درختان و ریشههای بخشی از بقیع را قطع و زمین آن را برای همین منظور آماده نمودند. در روایت آمده است که: رسول الله(صلی الله علیه وآله) به دستور خداوند، کنار این قبرستان حضور می یافت و به مدفونین آن سلام میکرد و برای آنان از خداوند آمرزش میطلبید(اصول کافی، 4/559)
بقیع را از آن رو «بقیع الغرقد» نامیده اند که نوعی درخت خاردار در آنجا میروییده و نامش «غرقد» بوده است. سپس آن درخت از میان رفت اما نامش ماندگار شد.(لسان العرب، 1/462) بقیع تا یکصدسال پیش، دیوار و حصاری نداشت، اما اکنون با دیواری بلند محصور گشته و از گذشته تاکنون مسلمانان از هر فرقه و مذهبی، پس از زیارت پیامبرخدا(صلی الله علیه وآله) به اینجا آمده، اهل بیت پیامبر(صلی الله علیه وآله) و دیگر آرمیدگان در این گورستان را زیارت میکنند. قبر امامان معصوم(علیهم السلام) و تعداد دیگری از دفن شدگان در بقیع نیز دارای قبه و سایبان بوده، که در حمله وهابیان تخریب گردید و اکنون این قبرستان به صورت فضای باز و سادهای درآمده و تنها برخی از قبور از دیوارههای کوتاهی برخوردار است.